تدور احداث القصه بعد 7 سنوات من احداث الحلقه الاخيره من Yu-Gi-Oh (اي بعد ذهاب الفرعون) في أكاديميه المبارزه التابعه لمؤسسه كايبا حيث تستقبل الاكاديميه في كل عام الطلاب لتعليمهم المبارزه و كل شيء عنها.و في هذا العام يقرر بطل القصه Jaden Yuki الالتحاق بالاكاديميه و في طريقه يلتقي ببطل العالم للمبارزه يوغي موتو و عندها يعطي يوغي بطاقه كوريبو المجنح لجيدن و يصبح بطاقته المفضله.و تبدأ مغامرات جيدن و اصدقائه في اكاديميه المبارزه التي تخبئ بين جدرانها في كل يوم مفاجئه و مغامره جديده.