تدور القصة حول حياة مدرسية مليئة بالعلم ،حيثُ لا قيمة لمن لم يجتز الإختبارات ،وبعض الطلاب لا يتحمّلون كونهم يرسبون في الإختبارات ،فظهر بذلك صنفين من الطلاب ،صنف يسمى “غ” وهم الغشاشين ،وصنف يسمى “م” وهم المجتهدين .من هذا المنطلق تنشأ علاقة تحدٍ بين لصنفين، فتصير قاعات الإمتحانات قاعات للحروب والفوضى . الطالب موموي من صنف غ ،والطالب كووي من صنف م ،يحدث بينهما تنافس كبير ،فمن سيفوز يا تُرى .

تحكي قصة هذا الانيمي عن علم يتواجد فيه ناس يملكون قدرات خاصة لاستغلال الاشياء و تحويلها لأشياء اخرى وهؤلاء الاشخاص يعرفون ب (الكيميائين )ولكن هؤلاء الاشخاص لا يصلون إلى مبتغاهم من دون تضحية .. الشخصية الرئيسية ادوارد أريك و اخيه الصغير ألفونسو اريك يندفعا نحو هذا الطريق و ذلك تبعاً لخطوات والدهما . ولكن بعد موت والدتهما يحاول ادورد و اخيه ان يحاولا ان يعيدا الحياه لوالدتهما . عن طريق و بسبب ذلك يفقد أخيه ألفونسو ولكن ادور تمكن من احتواء اخيه في درع حيث قام بدمج روح اخيه في الدرع حتى لا يفقده و بهذا الحادث يفقد أدورد يده و رجله . و بسبب الذي جرى لأخيه يبدأ أدورا الذي شعر بالمسؤليه لذلك المحاوله الأرجاع أخية لحالته الأولى .. .. وهنا تبدأ القصة

يفقد الأخوان “ألفونس” و “أدوارد” أمهما إثر مرض عضال.. عندها يقومان بإستخدام قوة الخيمياء المحرمة لإرجاع روح أمهما.تفشل تلك العملية حيث يفقد الأخ الأكبر “إدوارد” رجله اليسرى بينما يتخلى أخوه الأصغر عن روحه كي يقوم بحماية أخوه كنتيجة حتمية لإستخدامها شيئاً محرماً. يُضحي “إدوارد” بيده اليمنى حتى لا ينتقل أخوه لعالم لا عودة منه ويقسم حينها بأن يحصل على حجر الفلاسفة حتى يستطيعا العودة لسابق عهدهما ويحافظ على روح أخيه حتى لو أضطر لأن يكون مجرد حالة خيميائه تقوم بإستخدامها الأبحاث العسكرية.

الموسم الثالث .