فتى في المدرسة الثانوية يقوم بتحدي مجموعة من العباقرة بالألغاز القصة تدور حول المغامرات المدرسيـة لـ الطالب كايتو , طالب محب للألغاز يدرس في ثانوية خاصة تدعىRoot Academy , و اختير كمرشح لـ Phi Brain نظراً إلى مهاراته العقلية الغير عادية , و في يوم ما, يقف كايتو و نونوهـا صديقة كايتو منذ الطفولة على حل لغز مخبأ في أطلال تحت الأرض بالقرب من المدرسةهنـا يصل جهاز محمول لكايتو من قبل رئيس مجلس الطلاب و تبدأ الحكـاية ..